Ostrov s velmi členitým pobřežím má rozlohu přibližně 8x3km. Vznikl sopečnou činností přibližně před dvěma a půl miliony let. Nejvyšší hora ostrova je více než 600 metrů vysoká. Na pobřeží ostrova najdete dvě velké zátoky – bezpečná kotviště – a písečné pláže. Kokosový ostrov rozhodně netrpí nedostatkem srážek, čehož výsledkem je až 70 vodopádů v průběhu období dešťů. Díky tomu a také své odlehlosti vděčí za to, že byl odjakživa oblíbenou zastávkou pirátů, velrybářů i mořeplavců na doplnění sladké vody i zásob. Piráti zde nejen doplňovali své zásoby, ale i zakopávali cenné poklady.
Ostrov je výjimečný svojí přírodní rozmanitostí a především v okolním moři najdete množství žraloků - hejna kladivounů, žraloky hedvábné, galapážské, útesové, delfíny, manty a další rejnoky, obrovské murény, tuňáky, želvy i velrybí žraloky. Ve vodách Kokosového ostrova žije dvacet sedm endemických druhů ryb a patří mezi Top světové žraločí lokality.